Szakdolgozati és diplomamunka témák: 2020-21
Diplomamunka, szakdolgozat témakiírások, 2020 július 18.
Szakdolgozat és diplomamunka témák 2020-21
Prof. Dr. Batta Gyula
Kémiai Intézet és Biológiai és Ökológiai Intézet, Szerkezeti Biológiai és Molekuláris Felismerési Kutatócsoport, honlap: structbiol.unideb.hu
Kémiai épület fszt. E-18 iroda és B-13 fehérje labor
e-mail: batta@unideb.hu tel: 22234
1. Antimikrobiális hatású diszulfid fehérjék szerkezet - hatás összefüggései (több hallgató is lehet)
a., ANTIFUNGÁLIS minifehérjék (NFAP2, AFP, PAFgopt, PAFC) térszerkezetének meghatározása multidimenziós 700 MHz-es NMR módszerekkel. (Elsősorban a saját laptopon is telepíthető CARA szoftverrel történő teljes NMR jelhozzárendelés a feladat, amit szerkezet számolás követ az UNIO/CYANA szoftverrel.)
b., Diszulfid minifehérjék szerkezeti dinamikai vizsgálatai (belső mozgások, gerjesztett állapotok, diszulfid átkapcsolás jellemzése) 15N és 13C NMR relaxáció, telítés átvitel (CEST), proton transzfer (CLEANEX) módszerekkel. (A kísérletek feldolgozása és értékelése a Topspin, Dynamics Center, MATLAB szoftverekkel).
2. Antimikrobiális fehérje - ligandum interakciók vizsgálata: biológiai target molekulák azonosítása érzékeny gombákból származó lizátumokban, NMR kémiai eltolódás titrálás, telítés-átvitel (NMR-STD) és izotermális titrációs mikrokalorimetria (ITC) módszerekkel. (Sejtlizátumok készítése előírt protokoll szerint, komplexek kikötése kromatográfiás oszlophoz és elválasztásuk tömegspektrometriai (MS) vizsgálat céljából, a kísérletek kiértékelése.)
3. Gram-pozitív baktériumok illetve vírusok ellen hatásos, glikopeptid antibiotikumok szerkezetének, dinamikájának, oligomerizálódásának és sejtfal-analóg peptidekkel képzett komplexeinek vizsgálata NMR módszerekkel. (Klasszikus 2D-NMR kísérletek végzése jelazonosítás céljából, térszerkezet meghatározása NOESY/ és kvantitativ ROESY módszerekkel. 13C-és 15N relaxációs mérések és értékelésük a modell-mentes Lipari-Szabó módszerrel.)
Irodalom:
1. Huber, A.; Galgóczy, L.; Váradi, G.; Holzknecht, J.; Kakar, A; Malanovic, N.; Leber, R.; Koch, J. Keller,M.A.; Batta, G. et al. Two small, cysteine-rich and cationic antifungal proteins from Penicillium chrysogenum: A comparative study of PAF and PAFB, BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-BIOMEMBRANES 1862 : 8 Paper: 183246 , 14 p. (2020)
2. Szűcs, Zs.; Naesens, L.; Stevaert, A.; Ostorházi, E.; Batta, G.; Herczegh, P.; Borbás, A; Reprogramming of the Antibacterial Drug Vancomycin Results in Potent Antiviral Agents Devoid of Antibacterial Activity, PHARMACEUTICALS 13 : 7 p. 139 , 15 p. (2020)
3. Alex, J.M.; Rennie, M.L.; Engilberge, S. ; Lehoczki, G.; Hajdu, D.Zs.; Fizil, Á.; Batta, G.; Crowley, P.B. Calixarene-mediated assembly of a small antifungal protein IUCRJ 6 : 2 pp. 238-247. , 10 p. (2019)
4. Váradi, Györgyi ; Tóth, Gábor ; Batta, Gyula Structure and Synthesis of Antifungal Disulfide β-Strand Proteins from Filamentous Fungi, Microorganisms 7 : 1 Paper: 5 , 10 p. (2019)
5. Batta, Gyula ; Bodor, Andrea ; Kövér, Katalin ; Martinek, Tamás ; Perczel, András ; Tőke, Orsolya
NMR- és ESR-spektroszkópia In: Buday, L; Nyitray, L; Perczel, A (szerk.) Ezerarcú fehérjék
Budapest, Magyarország : Semmelweis Kiadó és Multimédia Stúdió, (2018) pp. 203-256. , 54 p.
6. A.Huber, D.Hajdu, D. Bratschun-Khan, Z.Gáspári, M. Varbanov, S. Philippot, Á.Fizil, A. Czajlik, Z. Kele, C. Sonderegger, L.Galgóczy, A.Bodor, F. Marx, G. Batta: New antimicrobial potential and structural properties of PAFB: a cationic, cysteine-rich protein from Penicillium chrysogenum Q176 SCIENTIFIC REPORTS 8: Paper 1751. 16 p. (2018)
http://www.nature.com/articles/s41598-018-20002-2
7. S. Boros, Z.Gáspári, G. Batta, Accurate NMR Determinations of Proton–Proton Distances, Annual Reports on NMR Spectroscopy, 94, 1-39 (2018)
8. C. Sonderegger, Á. Fizil, L. Burtscher, D. Hajdu, A. Munoz, Z . Gáspári, N.D. Read, G. Batta, F. Marx: D19S Mutation of the Cationic, Cysteine-Rich Protein PAF: Novel Insights into its Structural Dynamics, Thermal Unfolding and Antifungal Function, PLOS ONE , 12(1) e0169920, DOI: 10.1371/journal.pone.0169920 (2017) http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0169920
9. Á. Fizil, Z. Gáspári, T. Barna, F. Marx, G. Batta: “Invisible” Conformers of an Antifungal Disulfide Protein Revealed by Constrained Cold and Heat Unfolding, CEST-NMR Experiments, and Molecular Dynamics Calculations. Chemistry-A European Journal, 21(13), 5136-5144, doi: 10.1002/chem.201404879, (2015)
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/chem.201404879/epdf
10. I. Bereczki, A.Mándi, E.Rőth, A.Borbás, Á.Fizil, I. Komáromi, A.Sipos, T.Kurtán, G. Batta, E. Ostorházi, F. Rozgonyi, E. Vanderlinden, L. Naesens, F.Sztaricskai, P.Herczegh (2015): A few atoms make the difference: Synthetic, CD, NMR and computational studies on antiviral and antibacterial activities of glycopeptide antibiotic aglycon derivatives. European Journal of Medicinal Chemistry, 94, 73-86, (2015).
http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0223523415001245
Események
2014-04-23 10:31:29
NMR, A VILÁGMINDENSÉG, MEG MINDEN...
Az előadás során ifj. Szántay Csaba (Richter Gedeon Nyrt) az NMR spektroszkópia elméletének világából vett példákon és néhány szerkezetkutatási érdekességen keresztül tudományfilozófiai gondolatokat fog megosztani az érdeklődőkkel. Az előadást követően büfé várja az érdeklődőket.
május 14. szerda, DE-ETK F008-009 előadó
Bővebben »
2014-06-17 11:00:00
THEORY OF SINGLE-MOLECULE FLUORESCENCE AND FORCE SPECTROSCOPY :
Szabó Attila (NIH) MTA külső tag székfoglalója, MTA, Budapest, június 17. kedd, 11:00
Szabó Attila valószínűleg az egyik legtöbbet idézett magyar tudós. Fiziko-kémikus, de munkássága szerteágazó. Írt kvantummechanika könyvet, az NMR relaxációhoz kapcsolható Lipari-Szabo módszert ezrek idézték, kritizálta a Levinthal paradoxont és újabban az egy-molekulás jelenségekkel foglalkozik.